Структура Федерального агентства специального строительства

1. Центральный аппарат (руководство, Центральное производственно-распорядительное управление,  штаб, управления и самостоятельные отделы)
2. Главное управление специального строительства по территории Северо-Западного федерального округа (ГУССТ  №3) (г. Санкт-Петербург)
3. Главное управление специального строительства по территории Приволжского федерального округа (ГУССТ  №5) (г. Саратов)
4. ФГУП "Управление дорожного строительства №5" (УДС №5) (г.Рязань)
5. Главное управление специального строительства по территории Дальневосточного федерального округа (ГУСС "Дальспецстрой") (г. Хабаровск)
6. Управление специального строительства по территории №1 (УССТ №1) (г. Москва)
7. Управление специального строительства по территории №2 (УССТ №2) (г. Москва)
8. ФГУП "Управление дорожного строительства №3" (УДС №3) (г.Сургут, Ханты-Мансийский автономный округ)
9. Управление специального строительства по территории №4 (УССТ №4) (г. Новороссийск)
10. Управление специального строительства по территории №6 (УССТ №6) (г. Ижевск, Республика Удмуртия)
11. Управление специального строительства по территории №8 (УССТ №8) (г. Ижевск, Республика Удмуртия)
12. Управление специального строительства по территории №9 (УССТ №9) (г. Железногорск, Красноярский край)
13. Управление специального строительства по территории №10 (УССТ №10) (г. Москва)
14. Управление строительства №4 (УС №4) (г. Москва)
15. Управление специального строительства №5 (УСС №5) (г. Москва)
16. Управление специального строительства №7 (УСС №7) (г. Сочи)
17. Управление специального строительства №11 (УСС №11) (г. Москва)
18. Управление специального строительства №12 (УСС №12) (г. Москва)
19. Управление дорожного строительства №4 (УДС №4) ( г.Калуга)
20. Управление промышленных предприятий
21. Центральное проектное объединение (ЦПО) (г.Воронеж)
22. ОПП "Спецстройсервис" (г. Одинцово, Московская область)
23. "Спецстройохрана" (г. Москва)
24. "Спецстройконтракт" (г. Москва)
25. "Инстрой" (г. Москва)
26. Санаторий "Можайский" (д. Красновидово, Можайский район, Московская область)
27. ФГМУ "Медицинский центр" (г. Москва)
28. ФГОУ "Военно-технический университет" (ВТУ) (г. Балашиха, Московская область)
29. ФГУ "Отдел капитального строительства № 900" (ОКС №900) (г. Москва)
30. ФГУ "Военное эксплуатационно-восстановительное управление связи" (ВЭВУС) (г. Москва)